Vào một vài năm cuối trong thời gian trị vì của mình, Đạo Vũ Đế đã trở nên khắc nghiệt hơn trong việc đối xử với các triều thần. Giả dụ, năm 406, khi ông lên kế hoạch mở rộng Bình Thành với ý định biến nó trở thành một kinh đô oai vệ, ông ban đầu đã lệnh cho Mạc Đề (莫題) lập kế hoạch bố trí, song do Mạc Đề đã không quá cẩn thận nên đã có một lỗi tương đối nhỏ, Đạo Vũ Đế vì thế lệnh cho Mạc Đề phải tự sát. Ông ngày càng hay lui tới Sài Sơn cung (豺山宮, nay thuộc Sóc Châu, Sơn Tây), và thường dành tới vài tháng ở đó. Các triều thần chủ chốt khác mà ông giết chết trong thời kỳ này còn bao gồm người họ hàng Thường Sơn vương Thác Bạt Tuân, Dữu Nhạc, Mạc Na Lâu Đề (莫那婁題), và Ngụy vương Thác Bạt Nghi.

Năm 407, Bắc Ngụy và Hậu Tần có một thỏa ước hòa bình, các tướng bị bắt giữ của hai bên được trao trả. Tuy vậy, điều này đã gây ra một hậu quả tai hại đối với Hậu Tần, một tướng của Hậu Tần là Lưu Bột Bột trở nên giận dữ vì cha Lưu Vệ Thần của ông ta bị Bắc Ngụy giết chết trước đó, Lưu Bột Bột vì thế nổi dậy, lập ra nước Hạ. Tuy nhiên, Lưu Bột Bột lại tập trung vào chiến tranh du kích chống lại Hậu Tần, dần dần làm suy yếu sức mạnh của Hậu Tần, trong khi đó nước Hạ lại không thực sự tiến hành chiến tranh chống Bắc Ngụy.

Năm 409, Đạo Vũ Đế có lẽ là đã bị ảnh hưởng bởi các chất độc mà các nhà giả kim thuật đưa cho, và ông được mô tả là rất thô bạo và hoang tưởng đễn nỗi liên tục lo ngại rằng sẽ có nổi dậy, đặc biệt là khi các thầy bói nói với ông rằng một cuộc nổi loạn sẽ diễn ra gần ông. Ông đôi khi không ăn uống gì trong nhiều ngày, hoặc không ngủ vào ban đêm. Ông thường thì thầm về các thành tựu hoặc thất bại của mình trong quá khứ, và ông nghi ngờ tất cả các triều thần của mình. Đôi khi, khi các triều thần bẩm báo với ông, ông đột nhiên nghĩ về lỗi lầm trong quá khứ của họ và ra lệnh trừng phạt và thậm chí là xử tử. Thỉnh thoảng, khi những người khác hành xử chỉ một chút không thích hợp, ông cũng trở nên tức giận và đến mức sẽ giết chết họ và trưng thi thể của họ ở bên ngoài hoàng cung. Toàn bộ triều đình đều phải hứng chịu một đợt khủng bố. Những cá nhân duy nhất thoát khỏi sự đối đãi này là Thôi Hoành và con trai Thôi Hạo (崔浩), họ đã không bao giờ phạm thượng hoặc xu nịnh hoàng đế vì cả hai đều có thể mang đến tai họa.

Vào mùa thu năm 409, Đạo Vũ Đế đã quyết định lập Thác Bạt Tự làm thái tử. Do phong tục truyền thống của bộ lạc Thác Bạt là mẹ của người kế thừa phải chết, Đạo Vũ Đế lệnh cho mẹ của Thác Bạt Tự là Lưu thị tự sát. Ông đã giải thích lý do cho Thái tử Tự song điều này vẫn không ngăn được Thái tử thương nhớ mẹ, Đạo Vũ Đế vì thế tức giận và cho triệu kiến Thái tử. Thái tử Tự lo sợ và chạy ra khỏi Bình Thành.

Tuy nhiên, Đạo Vũ Đế lại bị giết dưới tay một người con trai khác. Lúc ông đến thăm Hạ Lan bộ khi còn trẻ tuổi, ông trông thấy di mẫu (em gái của Hạ Lan thái hậu) xinh đẹp của mình, và muốn cưới bà làm thiếp. Tuy nhiên, Hạ Lan Thái hậu đã phản đối, song lý so không phải là vì loạn luân mà là do Hạ Lan phu nhân lúc đó đã có phu quân và do bà quá xinh đẹp, Thái hậu nói rằng những thứ đẹp thường có độc. Tuy vậy, Đạo Vũ Đế lại ám sát phu quân của Hạ Lan phu nhân và lấy bà làm thiếp, và đến năm 394 thì bà đã hạ sinh Thác Bạt Thiệu (拓拔紹), người con trai này sau đó được phong là Thanh Hà vương. Thác Bạt Thiệu được sử sách thuật lại là một thiếu niên khinh suất, ông thường cải trang thành thường dân đi thăm thú các đường phố, và thường bắt các khách du hành và lột bỏ quần áo của họ để làm trò tiêu khiển. Khi Đạo Vũ Đế hay tin, ông trừng phạt Thác Bạt Thiệu bằng cách cho treo ngược Thiệu trong một cái giếng, và chỉ thả ra khi Thiệu đã gần chết. Ngày Mậu Thìn tháng 10 năm Kỷ Dậu (6 tháng 11 năm 409), Đạo Vũ Đế có mâu thuẫn với Hạ Lan phu nhân và ông đã cho giam cầm và tính đến việc hành quyết bà, song lúc đó đã sập tối nên ông do dự. Hạ Lan phu nhân bí mật gửi một lời nhắn cho Thác Bạt Thiệu, yêu cầu Thiệu hãy cứu bà. Đến tối, Thác Bạt Thiệu đã vào cung và giết chết phụ hoàng. Tuy nhiên, sau đó, các cận binh hoàng cung đã bắt và giết chết Thác Bạt Thiệu cùng Hạ Lan phu nhân, Thác Bạt Tự đoạt lấy ngai vàng và trở thành Minh Nguyên Đế.